蒸馏器的蒸馏效率是很重要的一项性能，蒸馏效率一方面决定着工作效率，另一方面也体现了一款产品的质量好坏。为确保理想的蒸馏效率、冷却介质一般建议同加热锅温度保持40℃左右的温差，以便将热蒸汽进行快速冷凝，从而降低蒸汽对系统真空的影响。
蒸馏器加热锅温度越高、溶剂的蒸馏效果越快，但考虑到操作的安全性和目标成分的热敏性，常用的温度是60℃再者80℃以上，然而硅油介质难于清洁，一般我们建议顾客通过降低真空值来达到更快的蒸馏效率。
蒸馏器的密闭空间组成部分如下：蒸发瓶、蒸发管、密封圈、冷凝管、真空缓冲瓶、真空泵、真空管路，其中影响系统真空关键的因素是真空泵、密封圈和真空管。一般来说真空泵极限越低系统的真空值也越低。
所以在蒸馏的时候需要通过真空控制器设置合理的真空值来蒸馏效率同时避免爆沸。循环水泵的极限真空大约为0.095kpa、隔膜真空泵的真空低可达2mbar，但是如果预算允许的话加装真空控制器或真空阀，它可以控制好蒸馏所需的系统真空值。
给定系统中的蒸馏速度主要受冷凝器冷凝溶剂蒸汽的能力的限制。如果你让太多蒸汽冲入冷凝器，它会过载而无法有效工作，这将导致有价值的挥发物损失。为了避免饱和，应该监控系统的压力，使得2/3的冷凝器始终被冷凝水覆盖。
